Добрый день.

Первый раз развожу плату с дифференциальными парами - волнуют следующие моменты.
1. ширина проводника 0.25 мм. зазор 0.15 мм. SaturnPCB возвращает импеданс 104 Ома дифференциальный, 74 Ома - одиночного проводника.
2. длина дифпар: REFCLK - 15 мм, TX - 13+5(разделены кондерами) RX - 15 мм

Нормальна ли такая трассировка для PCIe? Где может быть "узкое место"?

Нормальна. Не парьтесь, оно работает и на гоооораздо более длинных линиях.

Разница в длине дифпар не критична?

В Вашем случае - нет.

Какой именно PCI Express? Gen1, Gen2/3?
Разница есть - смотрите стандарт.

при расчёте волнового сопротивления входными данными являются: тип линии передачи (microstrip или strip line), ширина проводника, толщина диэлектрика снизу (и сверху для strip line), его диэлектрическая проницаемость, толщина меди и параметры материала маски (для microstrip). Для диффпар добавим расстояние между проводами пары.
Все sinal integrity пакеты и расширения имеют калькуляторы. Игнорировать SI анализ в гигагерцовых диапазонах не стоит - можно потерять клиента.