В гербере вообще нет DRILL и любого намёка на подобное.
Как слои бы ни садились,
в производство не годились.

А когда Вы вообще в этой системе видели drill в гербере. Drill идет отдельными файлами формата Excellon-2. Сквозные в файле thruhole.tap, далее для глухих и погребенных создаются файлы с именами типа 2-3.tap. Вот для них и важен порядок внутренних слоев. Я сейчас не помню, меняются ли номера слоев в именах файлов, но содержимое точно меняется.

Да вот с самого начала темы автор невнятно описал проблему. Я, например, так и не понял, что именно имеется ввиду под перепутанными слоями, и что за отверстия есть у него в проекте, которые требуют правильного порядка слоев. Где-то даже вроде промелькнуло, что никаких особых отверстий (кроме сквозных) нет. Тогда при чем тут порядок слоев? Вопрос упирается в то, включена ли генерация файлов сверловки, которая дает файлы с именами thruhole.tap, thru-X-Y.tap, на которые указал Alex11. Поэтому вот пара картинок, как включить генерацию этих файлов.
Собственно, добраться к этим окошкам - из меню Options выбрать Post Process Settings...

В постпроцессе нет строки "DRD". В результате нет и "thruhole.tap". Создание вручную путём "New..." ничего не давал.
Да уже и поздно пить боржоми... План "Б" уже завершается.
Спасибо!

Так DRD тут совершенно ни при чем. У Layout это довольно странное место в диалогах. Галки вроде как стоят в свойствах отдельного гербера, но вот параметры сверловки распространяются на все файлы. Галки можно поставить при редактировании любого слоя, включенного в post ptocess.

Я теперь даже не жалею что так случилось, т.к. новый взгляд на разводку всегда полезен. Много чего переместил и изменил. Это макетная плата, так что всё обошлось.
Спасибо.