в своё время ставил Линукс на ARM9 пользуясь этой ссылкой
http://dmilvdv.narod.ru/AT91SAM9260/index.html?linux.html

файловая система стояла на Nandflash

из файла аrch/arm/mach-at91/board-sam9260-ek.c:

static struct mtd_partition __initdata ek_nand_partition[] = {

{

.name = "Bootstrap",

.offset = 0,

.size = SZ_4M,

},

{

.name = "rootfs",

.offset = MTDPART_OFS_NXTBLK,

.size = MTDPART_SIZ_FULL,

},

};



теперь нет NandFlash и файловая система будет стоять на SDкарточке (бутсрап будет на DataFlash)
как задать расположение файловой системы на SDкарте?