Столкнулся с проблемой неправильного функционирования DC-DC при впаивании катушки началом намотки к транзистору. Проявляется это в постоянном ШИМе с микросхемы и повышенном потреблении. Если впаять катушку наоборот все приходит в норму. С чем такое может быть связано?

С наводкой на ОС, например.

Катушки всегда включают началом намотки к выходу (ближе к постоянному току). Не случайно.
Наружные витки экранируют нижние.

Только наоборот, ведь начало намотки - это внутренний виток.

Ну и по хорошему не должен нормально спроектированный преобразователь "впадать в экстаз" от запаянной наоборот индуктивности.

Разводка взята из datasheet`а, но думаю скорее всего проблема с наводкой на ОС из-за использования неэкранированной индуктивности типа SD0603.

Да, перемудрил я, пытаясь сформулировать. Прошу прощения
Во внутренних витках, конечно, должны быть все пульсации.

Это если вести речь о статической наводке - но она, скорее всего, магнитная - меняет знак при переворачивании катушки.