В STM32F103C4 USB сидит на одних выводах с USART1, но не на ТХ RX. Мне нужны оба USARTа и USB. Один усарт на передачу по RS485, другой на прием и USB для конфигурирования предустановок на ПК. Есть ли возможность использовать все это одновременно?

Можно, если Вам не нужны аппаратные RTS и CTS USART1

Не нужны. Спасибо за ответ. Насколько я помню, stm32 можно прошивать и без ST-LINK, а с помощью ПК? Не подскажите какими интерфейсами пользуется загрузчик?

До покупки Stm32Discovery прошивал через USART1 (связь с Сом-портом PC через max232)

Все stm32F1хх умеют загружаться через USART1
Для этого нужны только Rx Tx (только без ремапинга, т.е. как РА9 РА10), и ещё ВООТ0 и ВООТ1
ВООТ0 для входа в загрузчик нужно подтянуть к питанию (например, перемычкой), при нормальной работе он должен быть подтянут вниз. ВООТ1 должен быть подтянут вниз всегда, поэтому использовать при работе его лучше как выход, но не как вход.
Загрузку firmware и установку защиты можно делать с помощью FlashLoader Demo
Некоторые МК дополнительно имеют возможность загрузки и по другим интерфейсам