Поиск по efind показывает плачевную ситуацию по всем позициям "SAM3". (http://www.efind.ru/icsearch/?search=atsam3)
На складах есть только отладочные платы. Самих чипов на складах нет.
По этому поводу несколько вопросов:
Кто-нибудь реально использует SAM3 в серийных изделиях? Или Атмел по кортексам потерпела полное фиаско?
Кто-нибудь рассматривал SAM3 как основу разрабатываемого устройства. Если рассматривал, то чем SAM3 был предпочтительнее других CortexM3 ?

А смысл использовать именно Атмел, если на складах навалом STM32F2 (тоже с HS USB + phy)?

И для F2 или для F4 нужна внешняя микросхема физического уровня, т.е. в чип не интегрирована «физика» для USB HS.

Вот когда встроят HS PHY в камни, подобные F2 или F4, тогда смысла в СЭМах практически не станет.
А пока альтернативы им нет

Уже есть. LPC18. Не совсем серия, правда, а только Qualification. Но значит серийный выпуск не за горами
http://www.nxp.com/products/microcontrolle...c1800/#products
К тому же и на Digikey уже появились
http://search.digikey.com/us/en/cat/integr...2556109?k=LPC18
Да и LPC43 подтягиваются
http://www.nxp.com/products/microcontrolle...ex_m4/#products
Скоро USB HS будет обычным делом.
Пока, правда, кристаллов с флэш в Qualification нет, но это не надолго.

Тогда как понимать:
78 стр. datasheet "Supports all high-speed USB-compliant peripherals if connected to external ULPI PHY." ?

Как я понимаю, там два HS USB. Один с HS PHY, а другой с FS PHY, но ... дальше ваша цитата. Такое понимание вот отсюда:

- One High-speed USB 2.0 Host/Device/OTG interface with DMA support and
on-chip PHY.
- One High-speed USB 2.0 Host/Device interface with DMA support, on-chip
full-speed PHY and ULPI interface to external high-speed PHY (с.2 даташита).

Да и на стр.78 прямым текстом говорится, что первый (USB0)
"Contains UTMI+ compliant transceiver (PHY).
...
Supports all high-speed USB-compliant peripherals.
Supports all full-speed USB-compliant peripherals"

а второй (USB1)
"USB Host/Device interface with ULPI
...
Supports all high-speed USB-compliant peripherals if connected to external ULPI PHY.
Supports all full-speed USB-compliant peripherals"

Но в руках еще, естественно, не держал и 100% верность понимания не гарантирую

Да, вроде как все на месте А то я уж подумал грешным делом, что они повторили фокус ST.