QUOTE (glonium @ Apr 7 2012, 13:34)

А вот что сделать чтобы работало типа #include <freeRTOS.h> пока не понято
Наверное надо начать с чтения документации
на препроцессор компилятора Си. Из нее можно узнать, что компилятор ищет файлы, указанные в угловых скобках в системных каталогах. Далее надо открыть документацию на компилятор и найти, что пути к системным каталогам указываются компилятору через опцию командной строки -I<путь>
Ну а как указать эту опцию компилятору из Эклипсы вам придется разобраться самому - это зависит от того, каким образом вы собираете проект - через рукописный makefile или используя какой-то плугин Эклипсы.