Откройте стандартный файл DrillMetric.dff на который вы настроились в диалоге генерации сверления и увидите строчку:

.DataFormat 3,3 ! common is 2,4 or 3,3

это и есть формат выдаваемой информации в файлы сверления, т.е 3 знака до и 3 знака после десятичной запятой\точки.

Тот формат который вы выставляете в Precision касается только точности отображения в генерируемой таблице сверления.

При выгрузке сверловки изначально надо определиться, в какой системе будут данные - метровой или дюймовой.
Для дюймовой системы достаточно точности 2-4, для метровой 3-3. В данной случае числа показывают, с какой точностью до и после запятой выводить координаты.
А далее в программе по подготовке файлов к производству (CAM350 или другая) данные надо загружать в том же формате. И всё должно быть хорошо.
В MG к сожалению не работаю, поэтому точно не подскажу.

и желательно герберы и сверловки выводить в одной системе единиц.
Я пользую метрику и для герберов и для свеловки, проблем с несоответствием топологии и сверловки ни разу не возникало. Для визуального контроля использую gerbertool.

PS Эти числа определяют шаг координатной сетки в файлах с данными. И местоположение всех объектов проекта будет смещено в узлы этой сетки, если они в ней не были...

Моё объяснение грубоватое, но смысл тот же.

Ну прочтите ещё разок...