Планирую прикрутить DDR к Spartan-6. DDR(одна микросхема 512 Mb) будет работать на 100 Мгц.
В связи с этим вопросы:
1. Какой чип выбрать?
2. Т.к. частоты низкие каких правил разводки придерживаться?

Все расписано в документации на спартан 6. Я подключал DDR2, работает без проблем.

В какой именно документации не подскажете?

ug388_Memory Controller, ug416_Memory_solution, ug393_PCB Design and Pin Planning Guide. У хилых на сайте в свободном доступе.

Не советую пользовать DDR и/или DDR2 на 100МГц. Имел некоторый опыт с этим , т.к. это нижний предел для многих DDR(2) чипов, то они начинают работать нестабильно, а точнее некоторые работают, а некоторые нет. Лучше рассчитывать на не менее чем 133МГц , см.даташит на конкретный чип DDR - там указан нижний предел частоты, да и не забудь проверить, не снят ли этот DDR партномер с производства.

Минимальная частота DDR памяти 80 МГц, на 100 МГц работают ВСЕ микросхемы DDR.
Минимальная частота DDR2 памяти 125 МГц.