Подскажите как пользоваться libusb в контексте Linux? В оригинальном архиве есть Makefile, но для FreeBSD, который имеет непривычный формат.
В идеале хотелось бы взглянуть на программу использующую libusb под Linux. Как отправить байт в порт и т.д.

Зайдите на libusb.org, скачайте исходники, после распаковки архива выполните в папке ./configure , появится Makefile подстроенный под вашу систему и делаете make. А примеры должны быть на том же сайте.

спасибо за совет

lsusb использует libusb, пример использования нужно смотреть в исходниках lsusb. Плюс в самом архиве есть папка с примерами.
Если вам не нужно вносить изменения в саму библиотеку, то я бы использовал версию из репозиториев, если у вас дистрибутив основан на дебиан, то получить Libusb можно командой sudo apt-get install libusb-1.0-0 libusb-1.0-0-dev
Если таки хотите собрать из исходников, то apt-get source libusb-1.0-0
Затем запустите скрипт autogen.sh и потом make

Кстати, libusb загибается, думаю рациональнее использовать более живой проект libusbx.

ПРУФ?