При влючении питания все работает как надо. Через некоторое время вместо требуемой частоты на выходе - входная частота.
Входная частота 32 МГц. Коэфициент деления 7, коэфициент умножения 12. Какие причины такого эффекта могут быть?

Минимальная частота VCO для спартана6 - 400 МГц. У вас получается меньше. Попробуйте для деления и умножения коэффициенты 14 и 24 соответственно.
А вообще визард вам подберёт правильные циферки если разбираться в этом лень.