Что делать с не совпадающими выводами земли и питания?
Например в EP4CE40 ноги H3,R3,Y15... это земля, а в EP4CE55 это IO. Аналогичная картина наблюдается и с питанием.
Если я хочу чтобы на плату можно было устанавливать любую из этих ПЛИС, то как мне разводить эти выводы?

Логично предположить, что все выводы земли и питания обеих вариантов надо подключить к земле и питанию а затем
в проекте Квартуса установить не используемые выводы как ввод и по идее ничего криминального не будет.

Или с этими выводами надо поступать как-то иначе?

Я так и делал в Циклоне. Там м/с большей ёмкости имеет меньше IO и больше выводов земли и питания

Спасибо за ответ! Вообще-то это логично, но хотелось бы дождаться ответа от Stewart Little как официального
представителя Альтеры.

Запостите сюда мой ответ Вам, а то я его в запарке не сохранил

Ответ от Stewart Little:

Информации, официальнее, чем в квартусовском хелпе, наверное, нет
Смотрите http://quartushelp.altera.com/current/mast...o_migration.htm

После создания проекта заходите в меню Assignment - Device, выбирайте нужную Вам микросхему, и в этом же окне выбора девайса щелкните кнопку Migration Devices. Там выбираете микросхему для миграции. Причем Altera рекомендует изначально выбирать для проекта микросхему с наибольшей логической емкостью, а мигрировать на более мелкие девайсы.

Затем в PinPlannere смотрите Pin Migration View - там можно подсветить выводы, имеющие у "миграционных" микросхем различное назначение. В колонке Migration Result показаны назначения, автоматически сделанные с учетом миграции - если какой-либо из выводов у любой из "миграционных" микросхем является землей или питанием, то даже в случае, когда в выбранной микросхеме он является линией ввода-вывода, ему принудительно назначается режим "виртуальной" земли или как высокоомного входа (соответственно), и он становится недоступным для назначения на него сигналов.
То же самое происходит и с другими выводами, имеющими спецфункции (например, входы-выходы сердесов и т.п.).

Для разводки платы нужно использовать как раз данные из этого столбца Migration Result (их можно экспортировать в виде csv-файла).

После компиляции проекта, сделанной с учетом миграции, можно посмотреть отчет фиттера - в нем в явном виде прописывается,
какие выводы не могут использоваться для назначения сигналов из-за возможности миграции, и какие этим выводам назначены режимы.

Вот ещё 5 копеек в тему холивара Xilinx vs Altera. У Xilinx такого идиотизма с миграцией не наблюдается. Земли-питания во всех корпусах остаются землями и питаниями. В чипах меньшей ёмкости I/O становятся not connected.

Для полной победы этих фраз недостаточно.
У Альтеры тоже самое. Земли-питания во всех корпусах остаются землями и питаниями. В чипах меньшей ёмкости I/O (вместо земли и питания) становятся ............