Вечер добрый.
Вопрос такой: есть проект на м48, который занимает ~3кБ, остальную часть занимает bootloader. Как лучше настроить отладку такой связки через AVRStudio - debugwire? Проблема возникает в следущем месте: студия при запуске проекта на отладку перетирает часть bootloader-а, а можно ли её заставить грузить проект не перезаписывая flash (запись flash будет осуществляться средствами бута)?

А у Вас в опциях отладчика нет "Don't reprogram device"?

Спасибо, похоже это то самое.
Так часто видел эту опцию, что уже перестал обращать на неё внимание.