Добрый день!
Сегодня хотел в уже разведённую печатную плату (уже отправленную на производство) внести изменения.
Причем так, что бы в проекте было две платы - старая и новая (условно назовем их v1.0 и v1.1).
Если кто можем посоветовать - отзовитесь!

Зависит от степени различий.
Если компоненты меняются на другие, удаляются или добавляются, то есть Variant_Manager в рамках которого это и реализуется.
Если меняется сама конфигурация платы, то можно добавить в проекте новую Board, скопировать схему из первой Board. Создать для этой Board свой PCB в который импортировать данные из первой PCB, а затем уже вносить изменения в схему-плату второй Board.

Для начала, хотел бы в текущей ПП сделать кое-какие изменения (без изменения схемы), например добавить полигоны или изменить шелкографию.

А есть ли описание этого Variant_Manager ?
Поскольку не обладаю всеми возможностями редактора, то делаю так:
Копирую имеющийся проект под новым именем и в него уже вношу изменения.

Конечно, в штатном комплекте документации. Но, поскольку в Вашем случае меняется не просто набор компонентов, а сама плата (её разводка и т.д.), то он, насколько понимаю, не подойдёт -- надо делать именно несколько плат.

Т.к. меняете топологию, то естественно нужна новая PCB.
Вы делаете самый простой вариант, копируя весь проект.
Можно сделать и по другому, но тут опять много ньюансов:
1. Если схема для двух вариантов одинакова и будет одинакова при дальнейших изменениях, то правильней создать две Board (Design в старых релизах) внутри одного проекта, при этом схема одна для обеих PCB.
2. Если схема будет отличаться, то или копирование всего проекта или см. мой предыдущий пост.