Лично я использовал в своих проектах запись в регистры модулей, которые не используются в работе. Пока не каких проблем нет. Использовал регистры TACCRx, TBCCRx, ADC12MEMx, PxOUT, DAC12xDAT. Главное при этом, чтобы регистры, контролирующие изменение состояния выше названных регистров были правильно настроены и не допускали произвольного изменения состояния используемых вами. Лучше всего использовать их под локальные переменные. При этом желательно каждый раз явно инициализировать регистры конфигурации, чтобы при сбоях не было проблем.

Например, для TACCRx нужно выбрать режим захвата (CAP=1, CM=00), запрет прерывания (CCIE=0).

Это (выбирать режим capture, установкой бита CAP) делать категорически не рекомендуется! Причину я описал в сообщении выше. А если уж используете регистры под временные переменные в режиме capture, то биты CCIS должны иметь значение 0x2 или 0x3, но никак не 0x0 или 0x1.

А если у меня не capture режим, а режим сравнения, то каких, так сказать подводных камней, мне остерегаться при использовании регистров под временные переменные?

В режиме сравнения тоже можно работать. При этом будет формироваться флаг CCIFG, но это не создаст проблем.