Допустим есть процедура обработки прерывания, описана так:

#pragma vector=PORT2_VECTOR
__interrupt void P2_INT_1(){
...
}

и допустим имеется другая:

__interrupt void P2_INT_2(){
...
}

Понятно что первая будет работать так как она зарегистрирована с помощью #pragma vector

А как в процесе выполнения программы (при определенных условиях) перерегистрировать (поменять) ISR на другую (с последующим возвратом первой) ?

На С естественно.

Ветвление внутри единой ISR непредлагать