Вспомнил эту тему, решил продолжить.

Обнаружил в последних версиях Xilinx SDK в меню Xilinx Tools -> Program Flash и там можно выбрать что куда откуда грузить, некий бутлоадер сидящий в BRAM. Можно это оно же самое, только GUI-фицированное? Там тоже некий SREC формат упоминается.

В SDK 14.1 для начала выскочило окно с грозным предупреждением что поддерживаются только x8/x32 после чего логичное сообщение, что поддерживаемого flash memory controller нет в моем дизайне.
Насколько я понял из help - ничего нового. Все построено на предположениях что:
1. В bitstream ROM зашит бутлоадер умеющий скопировать код из флеш в RAM. Xilinx в примерах дает (ЕМНП) варианты для SPI и parallel flash. Можно написать свой.
2. Каким-то чудом ваш код попадет в этот флеш. Причем в формате распознаваемом бутлоадер из п.1. Для примеров Xilinx - SREC. Если напишете свой - любой на ваш вкус. Вот за это чудо Xilinx не отвечает. Приведенный пункт меню - один из вариантов. Аналогично можно через impact (SPI поддерживается). В нашем устройстве - FPGA устанавливается в reset, после чего CPU подключенный параллельно к флеш (вот так прямо электрически) его программирует.