и это проверяли - не влияет на уровень шумов

проверьте кабель сетевой. когда-то гонял по стандартному кабелю 5е неэкранированному сигнал от сериалайзеров - спутники падали сразу
Дело было в поле поэтому кабель замотали фольгой пищевой под изоленту - помогло

Постоянно сталкиваюсь с такими проблемами
Приходится заниматься проблемами ЭМС различного оборудования.

Проектировщики плат зачастую не учитывают, что -120 дбм в полосе GPS начисто убивает любой приемник в 10-15 см от платы.

Методика проверки следующая- берете кабель экранированный с специальным щупом, если его нет, можно просто подходящую укороченную антенну навернуть.
Далее смотрите анализатором помехи в полосе GPS (мегагерц 5) поднося ваш щуп к различным участкам платы смотрите что светит. Как правило это тактовые или информационные сигналы с "бородой"
на фронтах.

Типового решения проблемы к сожалению, нет. Можно сдвинуть частоту, заэкранировать плату, поставить резистор, конденсатор, пр..
В случае помех от ethernet контроллеров- смотрите развязку питания самого контроллера ( питающие провода могут излучать), излучение самого кабеля, пр.
Зачастую простое навешивание конденсаторов не улучшает ситуацию а ухудшает, т.к возрастает ток помехи.

Можно попробовать MDC использовать не постоянно, а только при обращении к чипу. Это если нужно один раз сконфигурировать чип, если нужна статистика или переконфигурация, то не поможет.

отказаться от Lan в проекте нельзя, поэтому решено экранировать все, что связано с сетью