что - то мне говорит что это стандартная система навигации для машин, годов так 90, учитывая что управление по смс а не через жпрс.
импульсы таймером считаются на внешний клок ему их вешаете, и он сам считает процессор не грузит.
смс пропустить нереально, это очень медленный канал, у вас смс может в станции обработки оператора повисать на полчаса, а все пришедшие + еще немного храниться обычно в памяти модема, так что как будет время проверяйте периодически и все...
7-ми сегментный дисплей - это вообще без комментариев, недавно видел приятное решение на него поставили регистр последовательный код в параллельный, было 3 индикатора и 3 регистра, все последовательно друг за другом, освобождается куча ножек проца.
файловая система - надо выбрать, полно готовых файловых систем. Я в свое время где то за неделю написал свой фат 32, это не сложная система. Для упрощения можно взять флэшку сразу разметить ее на кучу файлов, и потом в ходе работы заполнять их. И на перезаписи таблицы файловой сэкономите, и проще получается...
что еще из сложного осталось

? кнопка и прерывание

? ...
Это не сложная система, не бойтесь ее, делайте пошагово, и за пол годика все будет.