#include <avr/io.h>
#include <avr/interrupt.h>
#include <avr/signal.h>

long Cnt0 = 0;  
long Cnt1 = 0;
long Cnt2 = 0;
long SysTime = 0;
// если захотите обрабатывать эти переменные в основном цикле программы
// необходимо будет предусмотреть синхронизацию данных (просто запретом прерываний),
//а также добавить ключевое слово volatile в объявление каждой из этих переменных

// Обработчик прерывания INT0
Singal (SIG_INTERRUPT0){
  Cnt0++;
}

// Обработчик прерывания INT1
Signal (SIG_INTERRUPT1){
  Cnt1++;
}

// Обработчик прерывания INT2
Signal (SIG_INTERRUPT2){
  Cnt2++;
}

// Обработчик прерывание по переполнению таймера 0
Signal (SIG_OVERFLOW0){  
   SysTime++;
   // Обработка переменных Cnt0..Cnt2
   // взависимости от текщего времени, которое у нас ведется в переменной SysTime
}


int main(void)
{
  // настройка портов
  // настройка таймеров и разрешение прерываний от таймеров (TIMSK)
  // настройка внешних прерываний рег. GIMSK
  // настройка УАРТа(ов)
  sei(); // разрешение прерываний

  for(;;){
  // Обработка UART0 и/или UART1 (передача по rs232)
  // какие-то другие действия
  // управление ЦАПами и проч.
  }
   return 0;
}