Подскажите пожалуйста как ее генерить и как цеплять к Hyperlynx.

Помнится у меня проблемы с моделированием были для DQ только с DDR3 в spartan-6 из-за модели s6, осциллограф надо было цеплять on die a не на вывод.

на основании даташита, в HL есть шаблон для нее. Вычисляются данные по времянкам из графиков на даташите, потомпросто вставляете их в программу, которая генерит вам модельку. Потом ее и используете для временного анализа. Это очень важно, т.к. разные контроллеры имеют разные временные характеристики, отличающиеся от стандартной Jedec в разные стороны.
Например, некоторые контроллеры iMX - это вообще дурдом, там очень точно надо выравнивать трассы.

Отлично, нашел, это называется DDRx controller timing model wizard, генерит файлы *.v

В DDRx пункт Specify Timing Models, там и подкидываешь ему модель. Я правильно понимаю, что
меняешь только модель контроллера, а память оставляешь как есть?

совершенно верно!
Незабудьте выбрать лучшие модели (поведенческие) на оба цикла (R-W) используя SweepAnalyzer. Может повлиять на резутьтаты тайминг-анализа