Вообще-то, там 2 дросселя, и еще керамические кондеры на VCC и VCCIO. И напряжение AVCC (для аналоговой части, включающей как раз генератор от кварца) у них берется из точки между дросселями, т.е. дополнительно (к эффекту AVCC'шного RC-фильтра) ослаблено влияние как "травы" от источника USB +5V, так и "травы" от VCC/VCCIO. Так что разница существенная может быть.
Как говорится,- "думайте сами, решайте сами - иметь или не иметь ..."