Есть ли определённость (стандарт) в том, в каком состоянии находятся выводы карт SD и MMC при выключенном питании. Есть ли там третье состояние? Возможно ли подключить несколько карт к одному порту МК и выбирать их переключением питания?

Выбирать карту переключением питания нельзя (как, впрочем, нельзя таким образом действовать с абсолютным большинством сложных компонентов).
Большинство выводов чего угодно (в том числе и микросхем SDC/MMC) имеет на входе защитные диоды, которые обеспечат фантомную запитку от входного сигнала. Как результат, элемент уже не будет в состоянии "не запитан". Пролучается плохо поддающийся контролю режим работы.
Правильный путь: запитать и перевести в неактивное (не занимающее шину) состояние штатным образом.

Тут, наверное, проблемы будут, если две карты на одной шине, то какая перейдёт в неактивное состояние. Тогда лучше поставить на каждую ногу карты по ключу и управлять всем сразу.

А где проблема? Какую карточку поставите в неактивное состояние- та в неактивном сотоянии и будет. В любом случае хоть что-то должно быть у каждой карточки индивидуально и не зашарено с другой (например, сигнал CS для SPI шины)
Ключи/мультиплексоры/коммутаторы ничем не лучше, ими тоже управлять нужно.

Ну да, CS индивидуальный сделать проще.
Спасибо.