Компилятор с ключом -MD автоматически фомирует файлы зависимостей. В исходном файле присутствует строка:

а соответствующем файле зависимостей:

По сему вопрос: что за странный путь получился?

А что, собственно, Вам не нравится?
GNUARM у Вас собран с cygwin, который пытается эмулировать Unix-like окружение под Windows. Т.е. у него есть корень файловой системы / под которым в соответствующие каталоги (например, /cygdrive/d) монтируются Ваши логические диски Windows. Далее, идет путь на этом диске. Если Вы проинсталлируете себе cygwin в более-менее полном виде, то сможете воспользоваться командой mount с целью изменения точек монтирования, например, для монтирования /cygdrive/d/Program\ files/GNUARM в /GNUARM. Но по большому счету это ничего не изменит.

Изза этого я собираю gcc под mingw, такая сборка избавляет от этих проблем.

Радикальное избавление от этих проблем - переход под linux.

Всецело с Вами согласен. Как раз занимаюсь неспеша переписованием всего софта который я наделад за 12 лет под gcc.

С другой стороны - врага нада знать! и досконально!