контроллер EPCS, как компонент ниоса работает в user mode, поэтому ноги д.б. помечены как regular i/o, если используется одно устройство для хранения конфигурации ПЛИС и программы процессора.
пример qsf из рабочего проекта (тут не все dual-purpose пины относятся к EPCS, я их кучей выделил):

а в принципе, никто не запрещает флешку для программы ниоса повесить на любые ноги. просто смысла нет, раз она уже используется для хранения sof

Правильно ли я Вас понял, что строки в .qsf:

из исходного состояния по умолчанию:

делают

?
То есть нужно сделать что-нибудь одно - или вручную в Assignments > Devices > Device and PinOptions выставить "USE AS REGULAR IO", или оставить там по умолчанию, но тогда в в .qsf задать их "USE AS REGULAR IO" ?

P.S. Почему-то Квартус сразу после начала компиляции выкидывает из .qsf строчку
set_global_assignment -name RESERVE_DATA0_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
Может быть потому что ранее в .qsf была строчка:
set_instance_assignment -name DATA0_PIN ON -to epcs_data0
в которой уже было DATA0?

инструкция:

говорит фиттеру, что нужно повесить пин epcs_data0 (или как вы его у себя в проекте назовете) на dedicated pin DATA0_PIN (это будет работать на любом кристалле, который поддерживает AS). ЕМНИП, именно она добавляется галочкой в настройках контроллера EPCS

а эта:

позволяет обращаться к DATA0_PIN, как к обычному i/o, что необходимо для ниоса.

вы можете настроить эти пины и визуально, настройки будут сохранены в qsf. хотя в каком-то квартусе был такой косяк, он то ли не сохранял настройки в qsf, то ли портил их. поэтому править в файле, имхо, предпочтительнее - легче переносить настройки между проектами.

Если вручную в Assignments > Devices > Device and PinOptions выставить "USE AS REGULAR IO", то они появятся в .qsf:
set_global_assignment -name RESERVE_DATA0_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_DATA1_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_FLASH_NCE_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name CYCLONEII_RESERVE_NCEO_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
set_global_assignment -name RESERVE_DCLK_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"

А если в Assignments > Devices > Device and PinOptions вручную не выставлять "USE AS REGULAR IO" , а задать все 5 вышеперечисленных строчек вручную в .qsf, то строка
set_global_assignment -name RESERVE_DATA0_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO" в .qsf исчезает.
Возможно это особенность Q 12.1.

У меня была похожая беда, но потом подключил в QSYS вывод jtag_debug_module_reset NIOS-а к reset epcs_flash, и все стало шиться.

Когда у Вас была проблема с прошивкой,то что было подключено к reset epcs_flash?

Был подключен только системный reset , общий для всех компонентов системы. ByteBlaster-ом шилось, nios flash programmer-ом не шилось.

То есть теперь к reset epcs_flash у Вас подключено два ресета: общий для всех компонентов системы и с вывода jtag_debug_module_reset NIOS-а?

Да, два ресета.

Поясните тогда пожалуйста вот что.
Если смотреть на графику соединений в QSYS, то получается, что если к reset epcs_flash у Вас подключено два ресета: общий для всех компонентов системы и с вывода jtag_debug_module_reset NIOS-а, то ресет с вывода jtag_debug_module_reset NIOS-а по графике QSYS окажется подключенным и к общему ресету для всех остальных компонентов системы, т.е jtag_debug_module_reset NIOS-а будет сбрасывать и все остальные компоненты системы.
Или это не так?

Я не могу ответить на это вопрос, т.к. не проверял будет ли jtag_debug_module_reset сбрасывать все остальные компоненты. Можно попробовать посмотреть RTL системы, посмотреть как соединятся два ресета. Возможно идет обидинение двух ресетов для компонента epcs_flash.