На USB выводятся NMEA (только сообщение ZDA), скорость устанавливал 9600, все остальное по дефолту.

Можете ли Вы привести установленные значения параметров?
100
101
102
103
124
130
193
194
195

в этом вся проблема, вывод NMEA сообщей с uart1 переключил на usb(теперь понимаю, что поспешил), но по usb модуль не определяется.
Возможен ли в такой ситуации аппаратный сброс к заводских настройкам?

Только перешивкой ПО модуля.
В принципе - одна минута работы.
Но нужно двусторонний доступ к любому из UART'ов и выводам Tx1 и Reset
Прошивать приедтся прошивкой BOOT, с этим прекрасно справляется наш Navia Viewer последних версий
За прошивкой прошу написать в личку - не имею права выкладывать открыто...

Да, и еще - рекомендую сначала перенаправить поток Debug на USB, чтобы иметь возможность отработать настройки, а потом уже переключиться на NMEA.

И совсем вдогонку.
DTR включен на компе?
По умолчанию он нужен!