Извините - не додумался. Сегодня прогнал проект через симулятор. Убрал из проекта вообще все включая инициализацию CPU. В симуляторе (AVRStudio 4.19) и в Борланде посчиталось все одинаково. На реальной прошивке - нет!

Разобрался в проблеме. Виноват AVRDude - фал в формате BIN он записывает в МК не верно. Настроил линкер на генерацию HEX. Прошил встроенным в AVRStudio программатором - CRC программой стала читаться верно. Прошил HEX дудкой - то же все нормально, прошил бинарником - облом!
AVRDude версии 5.10

А может не дудка виновата, а файл неправильно формируется? Ну там секции какие-то не попадают в него... Дудка или студия читать из процессора умеют? Если да - попробуйте записать bin - считать hex и наоборот. И сравнить считанное со сгенерированными файлами. Или взять hex и перевести его в bin какой-то сторонней утилитой вроде srecord и сравнить опять же со сгенерированым...

Дудка однозначно. Потому как файл проверялся моей прогой и линкером. При чем если ей подсовывать HEX то его она пишет нормально. В принципе, кто пользуется дудкой, может сам проверить. Как будет время, проверю более новую версию.