В Интернете нашел типовой пример когда один таймер с помощью разных значений OCC регистров генерит требуемый сигнал.
Но при этом требуется прерывание для перезагрузки OCC регистров.
Нашел флаер по управлению моторами и какртинку с примеро перезагрузки таймера по событию с помошью ПДП.
Поискал на сайте производителя но исходников не нашел.
Где есть пример генерации квадратурных сигналов без вмешательства процессора?

Если Вас правильно понял, то вам нужно что-то вроде этого.