По аналогии с существовавшей темой по STM32, предлогаю все мелкие вопросы, связанные с этими контроллерами, обсуждать тут, вместо того, чтобы плодить кучу мелких тем.

Собственно первый вопрос. Контроллер ATSAM4S16С. На сколько я понял, все таймеры у него 16 битные, максимальный делитель 128, соответственно максимальное время, которое он может отсчитать (при тактовой частоте 120МГц) - это 69904 микросекунды. Как быть в случае, если необходимо отсчитывать промежутки времени порядка секунды. Если я правильно понял, можно как-то дополнительно поделить частоту при помощи burst функции. Как это делается? или может есть какие другие способы?

Считать переполнения таймера.
И еще, посмотрите может у него один таймер может быть ведущем для другого. Т.е. один таймер может тактовать другой.

Так и делаю. Просто думал может есть более красивое решение.

Может. Но в моем случае все шесть таймеров используются.