Есть уже готовый проект. Теперь к нему нужно прикрутить возможность обновления ПО в приложении.

Предполагается 2(4) метода получения ПО в EEPROM
1) По USB в штатном/аварийном режиме.
2) По FTP через GPRS в штатном/аварийном режиме.

В найденых мною примерах bootloader пишется и компилируется отдельно. Программа пишется отдельно и компилируется по разному, для отладки и для загрузки через бутлоадер.

Прием данных в EEPROM возможен как при обновлени так при при отказе соновной прошивки, следовательно нецелесообразно в бутлоадере и а основной программе дублировать функции для работы USB, GPRS, EEPROM.

Bootloader и основную пограмму можно положиь в разных секциях flash и компилировать один проект.
Затем с двоичного файла отрезать нужный кусок.

В сети не нашел подобных вариантов. Очевидно что есть скрытые (или очевидные :-) недостатки такого метода.
Какие именно недостатки?