БД в таком виде:

Имя компонента в Парт намбер, ID - для БД и то, что Вам нужно в либ референс.
создал BOM Template.xls
Column=Designator Column=Part Number Column=Specification Column=Quantity Column=Footprint Column=Library Reference Column=LibRef
новый проект, закинул пару компонентов, через Job файл сделал генерирование BOM , эффект:

Настройки генерирования кст :

Для решения Вашей задачи, видимо надо создавать поле в БД отдельное и дублировать тогда туда Ref которое прописанно в БД. или отойти от этой идеологии...т.к. имя компонента прописывается НЕ в lib ref а обычно в Part Number. тогда и проблем не возникает.
never know best.