на вскидку так...
0. Лучше посмотреть в сторону DDR2
1. DQ, DQS группы заводятся на специальные ноги в пределах одного банка. см PIN OUT на соотв. циклон
выравнивание линий в пределах dqs групп а также клок, адрес, команды являются отдельной группой и выравниваются независимо от DQ(S) линий.
терминаторы ставить необязательно если расстояние не больше 2,5" (хотя для ДДР1 не уверен) и тем белее один чип. импеданс линий 50-60 Ом(для ддр2)
2. Я делал именно так. но крутить ничего не пришлось, заработало сразу
3. у первых ДДР SSTL25. => когда соберете систему, то вам нужно будет выполнить сгенерированный tcl с настройками выходов. как раз на SSTL25. Как это будет работать с вашим чипом и тем более под версией 9,1? - честно, не знаю
Что касается настроек контроллера под конкретный чип.. если ваша микросхема отсутствует в списке контроллера, то не беда, создаете .xml (заполняете табличку с параметрами) и все

Но с ними еще разобраться нужно.
Вообще самое простое это поставить чип который есть либо на отладках, либо в списке контроллера. Но все же.. лучше посмотреть в сторону ддр2