До этого не делал проектов с двумя FPGA. Не хотелось бы конфигурировать из одной флеши по схеме serial daisy dhain, так как в этом случае нельзя использовать QSPI флеш.
Можно ли построить схему конфигурирования, объединив в цепочку по JTAG две FPGA, и по флеши для каждой ПЛИС?

Две FPGA объединяются в церочку без проблем. По поводу QSPI - не знаю - используем режим BPI при этом Flash подключения к JTAG не имеет.

А BPI флеш, для каждой FPGA отдельную ставите, или FPGA грузятся из одной флеши?

Цепочка JTAG и конфигурационный интерфейс не связаны. Объединить 2 чипа в единую JTAG-цепочку и дать каждому из них свой QSPI конфигуратор - абсолютно корректно и наиболее просто. Конечно, если вы планируете программировать QSPI флеши по JTAG, придется последовательно шить сначала один чип, затем второй.