До сего времени работал с простыми проектами, проблем не возникало.
В случае с lwip, все разложено по папкам, при компиляции вываливается куча ошибок.
Проблема явно в том что не те хедеры подключаются, а как сделать правильно не знаю.
Например в папке ipv4 есть ip_addr.h и в папке ipv6 есть такой же. В результате ругань компилятора, то на отсутствие, то на переопределение.

Eclipse Juno. CDT установлен
arm-none-eabi-gcc 4.7.3
lwip-1.4.1
проект для STM32F107

Правильно настроить lwipopts.h и поместить его в системный include вашего проекта.

lwipopts.h есть, в нем нет никаких путей только настройки LWIP, в соответствии с которыми и идет компиляция

Также требуется прописать инклуд путь до lwip-1.4.1/src/include без вложенных папок
и также до вашего port/include



да еще,
все что для ipv6 объявлено как very experimental их можно удалять, и соответственно, чтобы использовать нужно подключить в пути поиска
src/include/ipv4 или src/include/ipv6

Нашел пример LwIP 1.4.1 для STM32F407.
TrueStudio собирает без проблем, Eclipse в связке с GCC пока не смог заставить.

Все именно так и оказалось, спасибо. После правильной расстановки путей проект стал компилиться.