...скорее всего, 13-ая версия запускает сервер от 11-ой версии, ну и от этого глючит. А 11-ая версия запускает свой JTAG-сервер, но драйвер остается от 13-ой версии (система его не обновляет "взад" при установке более старой версии после более новой), и они не дружат.

Попробуйте удалить Байт Бластер из системы следующим образом:

1) отключите все байт бластеры

2) переведите Device Manager в режим отображения абсолютно всех устройств, в том числе и отключенных как это описано на странице Microsoft http://support.microsoft.com/kb/315539/EN-US

3) удалите драйвера Бластеров, при этом винда должна спросить не хотите ли удалить файлы драйвера с диска - соглашайтесь - удалится не оригинал, а копия, которую винда сохраняет в своих "недрах" (образец диалогового окна, к сожалению, сейчас привести не могу)

4а) обновите состояние Device Manager и если драйвер остался, то повторите п. 3 (если в системе было установлено несколько версий драйвера, то при выполнении п. 3 удаляется только последняя и ее подменяет предыдущая версия, поэтому нужно проделать несколько итераций до полного удаления драйверов с диска)

4б) подключите бластер и если винда автоматом поставит драйвер, то повторите п. 3 (значит не все версии драйвера удалились. Для уверенности, что драйвера беруться из "недр" винды, а не из каталога Квартуса можно переименоват каталог Квартуса с драйверами на время чистки)

P.S. Пока писал ситуация изменилась, но надеюсь эта инструкция все равно кому-нибудь пригодится

А помоголо следующее:
- воткнул другой USB Blaster II, и он сразу заработал нормально
- вернул обратно совй USB Blaster II и он тоже заработал.
хрень...