Предисловие:
Микроконтроллер с помощью прерывания таймера и АЦП оцифровывает сигнал, вычисляет его амплитуду и фазу.
Для проверки алгоритма и статистической обработки введена функция съема данных в компьютер.
Съем данных через USB, переделан из примера USB CDC.

Суть вопроса:
При частоте сигнала около 6,5 кГц, обычно работает.
Если поднять частоту в 3 раза, соответственно и объем данных в три раза, то сбои становятся заметны.
Сбои проявляются в скачках фазы при обмене по USB.

Понятно что конфликт в прерываниях.

Поиск решения:
Почитал документацию на микроконтроллер.
Контроллер прерывания поддерживает вложенные прерывания с приоритетами, решения очевидно и стандартно.
Назначил прерываниям от USB более низкий приоритет(прописал большее число в регистр) - не помогло.

Нашел "особенность"
NVIC_PriorityGroupConfig(NVIC_PriorityGroup_4);
Как я понял, разрешается манипуляция приоритету по всему диапазону от 0 до 15
http://caxapa.ru/527021.html

Предположил, что виноваты критические секции встречающиеся в USB

Отключать их в примерах от производителя не хочется.

теперь сижу и думаю - как организовать съем данных с АЦП, чтобы USB не мешал?

Ну можно сигналы АЦП забирать не по прерыванию, а через ДМА. А оттуда выгребать. В случае если повисаете в USB у вас там будет 2 отсчета, так будите видеть там 1 отсчет. Сделайте буфер с запасом, и пусть туда складываются данные. Время от время от времени проверяйте буфер, забирайте все оттуда и перезапускайте ДМА.

А так критическая секция не есть круто, это фактически запрет прерывания, но после нее прерывание должно сработать. Неужели программа сидит в критической секции дольше чем время между отсчетами? Тогда не сделав буфер вы от проблемы не избавитесь.

Лучше сразу на 2 каналах ДМА делать буфер кольцевым чтобы их не перенастраивать и следить какие значения вы уже считали и двигать указатель на свободные данные

Сложно слишком. Кольевой на одном канале строится. Делится пополам и обработка каждой половины по флагам TCIF и HTIF. Даже указатель не нужен.

как на одном? А как его с начала запустить?
Я знаю решение связанного запуска двух каналов, первый в конце запускает второй с начала, а второй опять первый, и так они по очереди как запустили в начале так и едут до конца. Можно как-то иначе?
Я не очень пока искушен в ДМА STM

У него битик есть "циклическая работа". Он сам перезапустится, наше дело только данные выгребать.

спасибо, не знал. Так действительно гораздо удобнее.