Посмотрел тактовый сигнал на входе ПЛИС активным щупом - с ним все ОК (см. приложение).
В итоге пришел к выводу, что ПЛИС входную тактовую частоту 400 МГц не тянет. На 200 МГц все работает.

Это очень даже вероятно. Думаю, при 400МГц не успевают переключаться линии общего интерконнекта, задержка по которым составляет ориентировочно более 2нс. Линия работает, как НЧ фильтр, и клок до конца не доходит. Теоретически, можно гарантировать прохождение клока через интерконнект, если максимальная задержка, выданная TRACE, составляет менее полупериода. А вот выделенные тактовые линии должны 400МГц пропускать.

Интересная особенность...
Установил на оба АЦП частоту тактирования 300 МГц. В результате один АЦП запускается, другой нет (т.е. PLL от сигнала DCO АЦП). А особенность в том что запускается PLL от сигнала DCO АЦП у которого есть внешний терминирующий резистор. PLL от сигнала DCO АЦП с внутренним терминирующем резистором не запускается. Посмотрел на вскидку уровни сигналов DCO на местах терминирующих резисторов - одинаковые.

Это может быть связано и с разной полосой пропускания в интерконнекте, интересно, что в отчёте STA сказано на этот счёт?

В STA все ок.
Ещё одна интересная особенность: обратно вернул внешний терминирующий резистор и все равно не работает :-)
( а на 200 МГц работает)...
В итоге взял тактовый сигнал на PLL с рабочего канала DCO...