УГО кварца нарисовано в ORCAD CIS. Вопрос такой: Есть кварцы которые имеют 2-ух и 4-ех ножечный варианты исполнений. С двуножечным отдельно все понятно: две ноги УГО и две ноги 2-у ножечного корпуса. Но что делать когда этот же УГО надо использовать с четырехножечным исполнением кварца причем таким, что ножки выходят на контакты 1 и 3? Как правильно дать номера УГО выводам или возможно как-то по именам связать выводы УГО с выводами футприинта?

Не получится. С виду это может быть и та же графика, но пинаут УГО должен соответствовать пинауту футпринта, с этим в Оркаде строго.
На практике можно конечно брать имеющийся УГО и править его непосредственно в схеме, так можно и пинаут изменить и неподключенные пины добавить и нужные атрибуты добавить/изменить. Собственно когда речь не идет о создании и ведении какой-нибудь производственной БД, то это самый быстрый и удобный способ.

Хорошо, тогда получается чтобы правильно нарисовать символ, соответствующий скажем 4-ех ножечной структуре корпуса, я должен и в УГО заложить 4 пина? Или достаточно внести 2 пина с номерами 1 и 3?

Достаточно двух. Остальные добавить в свойство NC.

Как вариант. А NC потом подключить через Assign Power Pins
Как я понял - 1 логический выходит на два физических. ТОгда:

При создании компонента необходимо сгенерировать две Functional group.
Первая группа - двухвыводной
Вторая четырехвыводной(с добавлением свойства pack_short) - "мнимые" пины придется добавить, т.е на УГО будет четыре вывода, но видны будут только два, 3 и 4 - с нулевой длиной (ZERO).
А благодаря PACK_SHORT , при соединении 1 вывода к сигналу, автоматически присоединиться и к 3-му.
Быть внимательнее при создание PTF таблицы для данного компонента, чувствительность к регистру.