void EXT_FrequencyCounterConfig(void)
{

// Настраиваем ведущий таймер, формирующий клоки. Выбор таймера, источника тактирвоани, а также настройки периода и делителя должны обеспечить 32МГц
TIM_TimeBaseStructInit(&TIM_InitStructure);
  TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 1-1;  
  TIM_InitStructure.TIM_Period = 1;
  TIM_TimeBaseInit(TIM2, &TIM_InitStructure);

// Настраиваем канал, с которого будем снимать клоки.
  TIM_OCStructInit(&TIM_OCConfig);
  TIM_OCConfig.TIM_OCMode = TIM_OCMode_Toggle;
  TIM_OCConfig.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
  TIM_OC1Init(TIM2, &TIM_OCConfig);


// Настраиваем ведомый таймер. Он должен подсчитывать количество генерируемых ведущим клоков. Обратите внимание - не количество смен состояния, а именно количество импульсов. То есть если при каскадировании каким-то образом, если я правильно понял Ваше описание, частота делится на два - отлично, если нет, то нужно учесть это в настройках таймера

TIM_TimeBaseStructInit(&TIM_InitStructure);
  TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 1-1;   // или  2-1, в зависимости от пути решения проблемы, обозначенной выше.
  TIM_InitStructure.TIM_Period = 1;
  TIM_TimeBaseInit(TIM3, &TIM_InitStructure);

// ВРЕМЕННО настраиваем выход, просто чтобы осциллографом проконтролировать результат.
  TIM_OCStructInit(&TIM_OCConfig);
  TIM_OCConfig.TIM_OCMode = TIM_OCMode_Toggle;
  TIM_OCConfig.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
  TIM_OC1Init(TIM3, &TIM_OCConfig);
}

// В вышеописанной функции я пока не описывал настройку связей между таймерами, нужно определиться с режимами.


//По задумке, таймер 3 (ведомый) должен переполняться как раз тогда, когда все клоки протикали.
//Обрабатываем прерывание по переполнению
void TIM3_IRQHandler(void)
{
TIM_Cmd(TIM3, DISABLE); //Выключили
TIM_Cmd(TIM2, DISABLE); //Выключили
TIM3->SR &= ~TIM_SR_UIF; //reset interrupt flag

Ready_FLAG=1; // Доложили об исполнении
}



// СОБСТВЕННО ФУНКЦИЯ SendSomeClocks
void SendSomeClocks (unsigned int Clocks_count)
{
// Сообщаем Ведомому, когда же он должен остановиться, перенастраиваем и запускаем

  TIM_InitStructure.TIM_Period = Clocks_count;
  TIM_TimeBaseInit(TIM3, &TIM_InitStructure);
TIM_Cmd(TIM3, ENABLE); // таймер работает, но не тикает, пока не получены сигналы от TIM2

TIM_Cmd(TIM2, ENABLE); //Включили, пошли клоки.
}

// Пока тикает таймер, контрллер идет заниматься богоугодными делами.

TIM_TimeBaseInitTypeDef TIM_InitStructure;
TIM_OCInitTypeDef TIM_OCConfig;
  
    RCC->APB1ENR |= RCC_APB1ENR_TIM3EN | RCC_APB1ENR_TIM4EN | RCC_APB1ENR_TIM2EN;//
   RCC->APB2ENR |= RCC_APB2ENR_TIM1EN;//TIM1
//GPIO_PinRemapConfig(GPIO_FullRemap_TIM1, ENABLE);

    
    GPIO_InitStructure.GPIO_Pin = (GPIO_Pin_6 | GPIO_Pin_0 | GPIO_Pin_8 | GPIO_Pin_9 | GPIO_Pin_1 );
    GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_AF_PP;
    GPIO_InitStructure.GPIO_Speed = GPIO_Speed_50MHz;
  GPIO_Init(GPIOA, &GPIO_InitStructure);
    
    
    TIM_TimeBaseStructInit(&TIM_InitStructure);
  TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 10000-1;  
  TIM_InitStructure.TIM_Period = 10;
  TIM_TimeBaseInit(TIM1, &TIM_InitStructure);

  TIM_OCStructInit(&TIM_OCConfig);
  TIM_OCConfig.TIM_OCMode = TIM_OCMode_Toggle;
  TIM_OCConfig.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
    TIM_OC2Init(TIM1, &TIM_OCConfig);
    
    TIM_Cmd(TIM1, ENABLE);
    TIM1->CNT=0;

TIM_TimeBaseStructInit(&TIM_InitStructure);
  TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 10000-1;  
  TIM_InitStructure.TIM_Period = 1;
  TIM_TimeBaseInit(TIM2, &TIM_InitStructure);

  TIM_OCStructInit(&TIM_OCConfig);
  TIM_OCConfig.TIM_OCMode = TIM_OCMode_Toggle;
  TIM_OCConfig.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
    TIM_OC1Init(TIM2, &TIM_OCConfig);
    


  
  TIM_SelectMasterSlaveMode(TIM2, TIM_MasterSlaveMode_Enable);
    TIM_SelectOutputTrigger(TIM2, TIM_TRGOSource_Update);


  TIM_Cmd(TIM2, ENABLE);

  TIM_TimeBaseStructInit(&TIM_InitStructure);
  TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 2-1;  
  TIM_InitStructure.TIM_Period =10;
  TIM_TimeBaseInit(TIM3, &TIM_InitStructure);

  TIM_OCStructInit(&TIM_OCConfig);
  TIM_OCConfig.TIM_OCMode = TIM_OCMode_Toggle;
  TIM_OCConfig.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
  TIM_OC1Init(TIM3, &TIM_OCConfig);

  
    TIM_SelectSlaveMode(TIM3, TIM_SlaveMode_Gated);
    TIM_SelectInputTrigger(TIM3, TIM_TS_ITR1);

    
    TIM_SelectMasterSlaveMode(TIM3, TIM_MasterSlaveMode_Enable);

    
    TIM_SelectOutputTrigger(TIM3, TIM_TRGOSource_Update);

  TIM_ITConfig(TIM3, TIM_DIER_UIE, ENABLE);
  TIM_Cmd(TIM3, ENABLE);
.........................................................

void TIM3_IRQHandler(void)
{
    TIM_Cmd(TIM2, DISABLE);
    ClockON_FLAG=0;
     TIM3->SR &= ~TIM_SR_UIF; //reset interrupt flag
}

............................................................



while(1) // ЭТО ВМЕСТО ФУНКЦИИ. ПОКА ПРОСТО ЗАЦИКЛИЛ ЗАПУСК ТАЙМЕРА
{
       ClockON_FLAG=1;
    TIM_Cmd(TIM2,ENABLE);
    while(ClockON_FLAG);
    delay_ms(5);
}

TIM_TimeBaseStructInit(&TIM_InitStructure);
TIM_InitStructure.TIM_Period = 1;
TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 10000-1;
TIM_InitStructure.TIM_ClockDivision = 0;
TIM_InitStructure.TIM_CounterMode = TIM_CounterMode_Up;
TIM_TimeBaseInit(TIM1, &TIM_InitStructure);

TIM_BDTRStructInit(&bdtr);
bdtr.TIM_AutomaticOutput = TIM_AutomaticOutput_Enable;
TIM_BDTRConfig(TIM1, &bdtr);

TIM_OCStructInit(&TIM_OCConfig);
TIM_OCConfig.TIM_OCMode = TIM_OCMode_PWM1;
TIM_OCConfig.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
TIM_OCConfig.TIM_Pulse = 1;
TIM_OCConfig.TIM_OCPolarity = TIM_OCPolarity_High;
TIM_OC1Init(TIM1, &TIM_OCConfig);

TIM_OC1PreloadConfig(TIM1, TIM_OCPreload_Enable);
TIM_ARRPreloadConfig(TIM1, ENABLE);


TIM_SelectMasterSlaveMode(TIM1, TIM_MasterSlaveMode_Enable);
TIM_SelectOutputTrigger(TIM1, TIM_TRGOSource_Update);


TIM_Cmd(TIM1, ENABLE);

TIM_TimeBaseStructInit(&TIM_InitStructure);
TIM_InitStructure.TIM_Prescaler = 1-1;
TIM_InitStructure.TIM_Period =1;
TIM_TimeBaseInit(TIM3, &TIM_InitStructure);

TIM_OCStructInit(&TIM_OCConfig);
TIM_OCConfig.TIM_OCMode = TIM_OCMode_PWM1;
TIM_OCConfig.TIM_OutputState = TIM_OutputState_Enable;
TIM_OCConfig.TIM_Pulse = 1;
TIM_OCConfig.TIM_OCPolarity = TIM_OCPolarity_High;
TIM_OC1Init(TIM3, &TIM_OCConfig);

TIM_OC1PreloadConfig(TIM3, TIM_OCPreload_Enable);
TIM_ARRPreloadConfig(TIM3, ENABLE);


TIM_SelectSlaveMode(TIM3, TIM_SlaveMode_Gated);
TIM_SelectInputTrigger(TIM3, TIM_TS_ITR0);


TIM_SelectMasterSlaveMode(TIM3, TIM_MasterSlaveMode_Enable);


TIM_SelectOutputTrigger(TIM3, TIM_TRGOSource_Update);

TIM_ITConfig(TIM3, TIM_DIER_UIE, ENABLE);
TIM_Cmd(TIM3, ENABLE);
TIM3->CNT=0;