Допустим, что устройство работает на частоте 1...4МГц, тактируясь MSI. При подключении его к USB-хосту необходимо переключиться на HSE+PPL, чтобы далее можно было работать через USB.
Так вот, как лучше всего отлавливать момент подключения устройства к USB?

Естественно - по появлению +5V.

И еще неплохо питание тоже переключать на этот внешний +5В. Незачем сберегаемый ресурс внутреннего питания сажать, когда подключили внешнее.

В общем-то я так и сделал, что контролирую +5В на входе. Но может есть более правильный вариант?

Поставьте камеру возле USB-разъёма и контролируйте.