Вообще, при отправке пакета Ethernet, чтобы Wireshark его видел, достаточно подать на MAC пакет состоящий из DST MAC, SRC MAC, тип пакета (08 00) и произвольные данные (минимум 46 байт, если меньше MAC добивает нулями недостающие). Далее MAC дополнияет всё это преамбулой, SFD и CFS и выдаёт на PHY. Т.е. если эти условия выполнены, то никакие арпы и т.д. не нужны, Вы увидите свой пакет в Wireshark.
Если нет - ищите проблему где-то в проекте/железе:
1) Включен ли передатчик MAC-контроллера?
2) Выдаёт ли MAC данные на PHY?
3) Какой интерфейс MAC-PHY используется в системе?
4) Правильно ли настроен PHY?
5) и т.д.

Да, какую FPGA используете? Есть стандартные генераторы Ethernet трафика, можно попробовать загрузить сеть данными генератора.

Чтобы проверить соединение PC-PHY, можно включить PHY в режим Line Loopback и побросать пакеты с компа на плату.

Интерфейс у меня RGMII. В настройке phy на 100% я НЕ уверен, т.к. на 100% не понимаю какой регистр кофигурировать и как правильно это делать.

Вот тут большая вероятность того, что нужно "подвинуть" клок (TXC) относительно данных (TXD). Это можно делать через соответствующий регистр PHY по MDIO или можете попробовать подвигать его PLL. Ещё, прописаны ли временные ограничения?

Еще, может быть проблема со сбросом, при подаче питания PHY какое-то время (см. доку) надо подержать в ресете.

Что за временные ограничения ?

А phy у меня в ресете при включении некоторое время.

В случае MII на 100mb интерфейса TXD[3... 0]: Transmit Data — выдается синхронно относительно TX_CLK.
А сам TX_CLK: Transmit Clock. Вырабатывается в трансивере и передается в МАС.

А как происходит в случае интерфейса RGMII ? Там наоборот? Сам MAC подает синхронно клок GTX с данными TXD[3... 0] ?