Там нет топологии как таковой. Это файл с панелизацией.
Алексей, какая у Вас почта? Завтра с работы смогу выслать.

Написал адрес почты в ЛС

Посмотрел присланный файл (речь идет об основном файле - не панели!), действительно в нем 2 таблицы, одна далеко в отрицательных координатах.
В панели PCB List это легко можно обнаружить (см. рис.). Далее можно в панели изменить координаты на нормальные и удалить обычным способом.

Как так получилось - сказать трудно. Могут быть банальные причины - редактирование координат, или более изысканные - результат работы макроса.
Также, это может быть и программная ошибка, но определить ее по конечному файлу нельзя, нужно знать порядок действий. Если получится выяснить - как это произошло - будет хорошо, значит исправим...
У меня есть несколько версий, как такое могло быть - если подтвердятся, то позже отпишу!

p.s. Там еще такой нюанс: надо удалить таблицы с плат и добавить общую таблицу в файле панели. Иначе, таблица тоже мультиплицируется со всей платой.

Ок, в исходник не смотрел, тем более его не я делал. Что там с таблицами происходило - без понятия.
Ту таблицу, которая была видна, перед панелизацией я удалил, равно и как остальные дополнительные описания.
Макросы не используем, так что этот вариант отпадает.

Но первоначальный вопрос остается тем же - почему вообще для объектов доступны отрицательные координаты? Никакого смысла не вижу, а проблемы этот момент создает.

Это риторический вопрос. Так кто-то сделал 15 лет назад, и чтобы сейчас это поменять - нужно сильно это аргументировать. Я согласен, что не логично, но с этим много лет все работают и вроде бы большинство пользователей это устраивает. Работе это не мешает, за исключением редких случаев...

Да я и сам понимаю, что риторический, как и большинство вопросов к альтиуму... Есть как есть, и переделывать код, которому скоро 20 лет стукнет нет смысла - проще с ноля написать.