Такая странная история. Есть 2 платы ml505 Evaluation Platform. DIP-переключателем плата конфигурируется на зашивку по JTAG, как описано в user guide. Утилита xilinx impact говорит после зашивки, что она прошла успешно. Но..плата не работает. В чем может быть проблема?

может она работает, просто программа не та?
прошиваете в ОЗУ или флэш?
перегружаете?, после загрузки сигнал конфигурация прошла выставляется?

Прошиваем в ОЗУ. Задаем переключателем SW3 конфигкрацию 00010101. Причем на почти аналогичной плате ml507 все замечательно работает.
Естественно не перегружаем. Всмысле, что за сигнал конфигурация?

Тактовый генератор работает?

не проверял, имеется в виду праильно ли выставлены джамперы генератора?

Не только. Есть ли вообще генерация тактового сигнала?