Прошу помощи сделать проект в Atmel Studio 6.2 для scmRTOS под AtMega2560. У меня она почему то не запускается, не могу её сконфигурировать или что то не понимаю, уже пол часа ковыряю а проект не собирается.

Не плохо было бы найти инструкцию на подобие http://we.easyelectronics.ru/os-rtos/prikr...r-studio-4.html для Atmel Studio 6.2

ответил бы хоть кто нибудь, хоть что нибудь. Либо не совместимо, либо еще как

Может стоит конкретизировать вопрос? Что именно ковыряете, что не собирается, какие ошибки и т.д. Чем Ваш случай, помимо модели микроконтроллера, отличается от описанного в статье?

в статье описана настройка AVRStudio 4.2 а я просил помощи в настройке AtmelStudio6.2 , думаю отличие существенно. А по поводу ошибок то их очень много и в основном на сколько я понимаю ошибки линковок и несколько ошибок на типы данных, хотя это скорее всего последствие первого типа ошибок.

Ну, если мыслить категориями "нажать кнопку, поставить галочку", то да, отличия можно назвать существенными. А если по сути, то Вам нужно выполнить всего 3 операции (компилятор С++ будет выбран автоматом):
1. Создать проект GCC С++ - File/New/Project...
2. Добавить в проект используемые исходные файлы - Окно "Solution Explorer", ПКМ на имени проекта, Add/Existing Item
3. Прописать пути к заголовочным файлам - Окно "Solution Explorer", ПКМ на имени проекта, Properties/Toolchain/Avr/GNU C++ compiler/Directories