Зависит ли скорость выполнения такого рода команд NIOS II :
IOWR_ALTERA_AVALON_PIO_DATA
IOWR_8DIRECT
IORD_ALTERA_AVALON_PIO_DATA
IORD_8DIRECT
от того как он сконфигурирован - в режиме /e, /s или /f ?
Если зависит, то насколько существенно?
NIOS II тактируется клоком 50 МГц.

Зависит. В одном режиме запись в пио составляет 3-и такта в другом 13 тактов. Это можно проверить просимулировав Ниос. Когда то это делал в старых версиях Квартуса где был встроен симулятор.

Какого типа переменную возвращает IORD_ALTERA_AVALON_PIO_DATA (PIO_1_BASE)
если чтение идёт из 1-битного порта?
То есть если PIO_1 сконфигурирован в QSYS как input порт шириной 1 бит.
Почему шириной 1 бит?
Потому что больше не нужно.
Или так лучше не делать и надо задавать стандартную ширину 32 бит и тогда возвращаемый тип будет
unsigned int ?

Поискал по IORD_ALTERA_AVALON_PIO_DATA по сайту Альтера, но ничего толком не нашёл.

А листинг посмотреть не пробовали? Просимулировать на худой конец...

IORD_ALTERA_AVALON_PIO_DATA в любом случае вернет uint32. Если у вас актуальный только один бит, то накладывайте на результат маску 0x1, в старших битах может оказаться произвольное значение.

Где посмотреть листинг?

Файл software\name_app\name_app.objdump

У меня в папке software нет файлов с расширением .objdump
Квартус 13.1

Странно.Он должен лежать в папке с исходниками, там же где *.elf

2 FLTI
Если собираете скриптом, смотрите на параметр CREATE_OBJDUMP, если автоматом через гуй - тогда ищите nios2-elf-objdump в ваших сборочных мэйках.