..после трансформатора будет два таких сигнала, инвертированных друг относительно друга и АЦП будет оцифровывать их разность.
Достаточно будет усилить сигнал чтобы максимальная разность занимала весь динамический диапазон АЦП. Ничего смещать не надо.
з.ы.
в приложении файл для LTspice c прохождением сигнала через трансформатор.

Вот я утверждаю что если в вашей схеме добавить смешение то можно оцифровать вдвое большие входные пички тем же самым АЦП.

По вашей схеме с цифрами:
После транса имеем два диф сигнала. Первый от 0 ... +3 второй 0... -3. Предположим что АЦП способен принять этот дифф сигнал без искажений т.е. на вход АЦП можно подавать сигнал от +3 до -3В. Это означает что полная шкала АЦП от +6 до -6В

Смотрим тот сигнал что получиться после транса он будет от 0 до 6В.

Сравниваем с входным диапазоном АЦП и видим что мы не используем половину диапазона ацп. О чём я и говорил раньше.

И само собой самым логичным оказывается сдвинуть сигнал на входе АЦП вниз. И получить способоность обрабатывать вдвое больший диапазон.

Это что за фокус такой?

Где фокус? Если вход пик то пик = 6В то вычитая диф сигналы с этими начениями мы получим два крайних значения либо +6 вольт либо -6вольт. Что не так?

..я привёл схему чтобы показать как сигналы на выходе транса выглядят, а смещение там и так должно быть как на вашем рисунке - половина динамического диапазона АЦП.
В своём сообщении выше я хотел сказать что не нужно какого-то "особенного смещения" подстраиваемого под тип обрабатываемых сигналов, для полного использования динамического диапазона , достаточно рекомендованного common-mode voltage.

Давайте зайдём с другой стороны. Пусть АЦП выдаёт:
код 0000 если на входе разность сигналов -6В (+in=-3; -in=+3В)
код 8000 если на входе разность сигналов 0 (+in=0; -in=0)
и код FFFF если разность +6В (+in=+3; -in=-3В)

Какие коды выдаст АЦП если его подключить к вашей схеме сразу после транса?

Предположу что как то так: XXXXXYYYXXXXXXYYY
Вот чему по вашему равны X и Y

Кстати вот ещё вариант. Схемы когда можно задать на каждую линию своё смещение.