Думаю, у вас тоже проблема не в питании, а в сигналах. Которые неким чудесным образом становятся более похожими на нормальные. Пороги смещаются, или сопротивления меняются, или еще из той же оперы...

Ну напруга ст-линка согласно его же схеме 3 в. Про это я в курсе. Он обычно работает без особых проблем, как и сейчас. Просто иногда хз почему выскакивают непонятные глюки

Хотел бы я знать, почему именно так.
Осфиллограф и логический анализатор отлично видят сигнал как при 2.9V, так и при 3.3V на плате. Только вот программатор при более высоком напряжении сыплет случайными ошибками. Плату при этом раз через раз не видит даже ST-Util, иногда находит кристалл, иногда - нет. Иногда может прочитать часть FLASH, чаще - нет. Про запись - вообще молчу.
Кстати, надо бы придумать как заставить работать SWD в оконечном устройстве при такой специфике.

Ничего иного, кроме падения напряжения на проводах земли и сигналов, на ум не приходит. В дополнение к выше сказанным отражениям в длинных линиях.
Покажите осциллограммы, когда есть ошибки.