Действительно ответ лежал на поверхности и парой диодов резисторов и предохранителя, можно решить мою проблему.
Но развивая тему дальше хотелось бы рассмотреть все варианты от простых до сложных схем с гальванической развязкой.

темы вам уже показали. если читать не интересно, то есть раздел "Предлагаю работу"

Пока-что остановился вот на этом варианте, попробую протестировать в лабораторных условиях.

катод D1 не туда подключили: избытку энергии некуда будет деваться.

Есть мнение, что ток через D1 близок к нулю при любых условиях. А значит его отсутствие схема не заметит.
Зачем он нужен?

Диод D2 в этой схеме оказался лишним

Ожидаемо.
А в линии +5В есть достаточный потребитель энергии, что все не подпрыгнуло очень высоко?
Какой ток потребления в цепи+5В?

Потребителя который бы всё это съел нет, думаю как раз над этой проблемой...
Стабилизатор 5В ограничен по току 500 мА. Самое страшное что тут же висит и CAN шина и все эти помехи свистят в линию

В таком случае ставьте параллельно R2 керамический конденсатор ни 0.1uF и какой-нить SMBJ6.0A.
На входах подключения резистора R5 поставьте последовательные резисторы 10..100 Ом (как вниз, так и вверх).

Как насчет того чтобы D2 убрать, R3 R2 R1 увеличить раз в... 50 - 100
C1 подобрать исходя из желаемого времени реакции системы. Думаю для охранной системы даже несколько секунд задержки это не проблема, так что конденсатор можно будет выбрать по-больше и таким образом получится адский low pass фильтр, что и требуется.

А от катода D1 на GND поставить конденсатор, который и "съест" энергию положительного импульса, который прилетит туда через D1.
R4 на уровне 1К норм.

Обо всем этом говорилось в приведенных мной темах. Видимо вы их не дочитали...

Ко всей этой схемотехнике нужна адекватная разводка ПП, чтобы не было вот этого

Ах да, забыл еще, что по идее от точки где соединяются R1 R2 R3 на GND неплохо бы поставить керамику 1 - 10nF 100V. GND при этом отдельной дорожкой(жирной, низко импедансной) должна идти к минусовой клемме питания устройства. Это будет защита от статики и реально тонкие и длинные иголки до D1 даже не долетят, а сольются по этой дороге в источник, без дергания остальной земли платы. Дальше конденсатор медленно разрядится через вышеупомянутые резисторы, переводя эту энергию в тепло.

короче каша из топора опять
- я тему не читал, но вот подключил
- а надо подключить так
- а если вот так
- не так и вот это добавьте

Из всего выше сказанного получилось две схемы:




Тут вроде всё ясно и понятно надо пробовать собирать и тестить.




Вот тут есть вопросы:
C2- Какой лучше ставить
R5- получается слишком большим сопротивлением
Хватит ли току МК при таких сопротивлениях, или нужно ставить транзистор.

Не,ну мегаом это конечно многовато будет. А что там за датчик в реальности? На схеме я так понимаю,эквивалент.

Датчик обычный сухой контакт зашунтированный сопротивлением(2 сопротивление включенных, один последовательно, другой параллельно контакту )

Лучше пропускать через сопротивление датчика постоянный ток (порядка 4..10 мА) и измерять падение напряжения на нем.
При этом резистор в датчике порядка 1 кОм (обычно 680 Ом), а питающее напряжение (в случае с источником тока - напряжение холостого хода) порядка 12 В.
Мегаомные и стокилоомные значения наловят вам на 150 метрах много лишнего при 5 мкА рабочем токе.