Добрый день!
Обычно на монтажной схеме устанавливаю опцию "перечеркивание" посадочных мест компонентов которые не нужно устанавливать при монтаже. В Алтиуме 16.0.8 перечеркивание выдает на обоих слоях(верхнем и нижнем). Прикрепил скриншоты.
Сергей.
Эскизы прикрепленных изображений