Вот стёрли Вы вторую, и тут бах! - выключились. А после включения получили: 1-я - новое содержимое; 2-я - стёрта; 3-я - старое содержимое.
И с Вашим методом сравнения получите потерю содержимого этих структур.


Вот эти остальные у Вас и будут разные. И когда начнёте сравнивать побайтно, получите что в 3-х разных копиях три разных варианта значений.
Как можно не замечать очевидного???

Кроме всего прочего, у Вас будет очень сильный износ флеши. Если размер структуры много меньше размера секции флеши и рабочая копия есть в ОЗУ, то выгоднее с точки зрения износа флеши (а, следовательно, достоверности данных в ней) и проще записывать каждую обновлённую структуру сразу же после предыдущей. По окончании записи, в предыдущей затирать первый байт (слово). При считывании определяем актуальную запись по первому слову.
Тогда флеш будет расходоваться максимально рационально, причём стираться будет только после использования всей свободной области, т.е. редко. А в случае сбоя просто актуальными окажутся предыдущие настройки.

Конечно, в этом случае лучше создать кольцевой буфер из N записей. Каждая запись - полная конфигурационная структура. Весь буфер должен занимать как минимум 2 блока стирания.
И стирать байты в предыдущей записи не нужно - кольцо надо поддерживать в таком состоянии, чтобы в нём был разрыв из N стёртых записей. При старте ПО должно находить место этой стёртой дырки,
и последняя записанная запись перед этой дыркой - это последняя актуальная конфигурация. Если же её CRC не совпадает (процесс её записи был прерван), валидной считается предыдущая (если её CRC верный).